至宋、元、南海交通日盛，福建人民海外發展隨之而增，是時，澎湖已有大量移民，接近澎湖之臺海西岸各地，即今嘉義以致鹿港沿岸，似極有可能與澎湖發生交通關係。至明永曆十五年(公元一六六一年)鄭成功驅逐荷蘭而光復臺灣稱為東都後，寓兵於農，實施屯田制度從事墾殖時，鹿港以見於史誌。鹿港原為內地來臺之捷徑、登陸之要港。明鄭以前已有漢人聚居，雍正年間有漳州人許祐德來墾頂厝庄至海埔厝一帶，初設街在今之東北北橋頭、客仔厝附近，因地勢卑濕狹隘，居人日眾，隨之遷移。鹿港原名鹿仔港，鹿仔港又稱冲西港。至乾隆四十九年(公元一七八四年)正式開港，准與福建泉州之蚶江通商，成為臺灣中路要口。自康熙二十三年(公元一六八四年)臺灣設府，已至南京條約五口通商，共一五八年之間為台灣文化史之鹿港期，鹿港因地理環境的優越，住民自然靠海維生，不論往來船舶、捕魚者全靠天籟神之庇佑，篤信天地神明。在永曆初年，已有奉祀海上守護神媽祖(當時未稱天后之事實，至康熙二十二年(公元一六八三年)福建水師提督靖海侯施琅將軍奉旨安撫臺、澎之後將其由湄洲恭請護軍之湄洲媽祖聖像留在鹿港(現恭奉在鹿港天后宮)供居民崇拜。翌年，及康熙二十三年(公元一六八四年)就有蘇府大王爺降臨鹿港開基神蹟之發生，因湄洲聖母如有神意指示從不親自降乩，即付託蘇府大王爺降乩指點，有湄洲聖母就有蘇府大王爺，因有此深遠之淵源俗有正副駕之稱(正駕湄洲聖母，副駕蘇府大王爺)，延續至今仍是人人皆知之事實。